Skógar eru með elstu kirkjustöðum á landinu. Þar hefur kirkja staðið frá því um 1100 en Skógakirkju er fyrst getið í Kirknaskrá Páls Jónssonar biskups frá aldamótunum 1200.
Kirkja hélst í Skógum allt til ársins 1890 en þá voru síðustu bændakirkjurnar í Steinum og Skógum lagðar niður enda voru þær baggi á ábúendum því að það var á þeirra ábyrgð og efnahag að halda þeim við. Síðasta kirkjan í Skógum var lítil og hrörleg timburkirkja. Núverandi kirkjugarður í Skógum þar sem gamla kirkjan stóð er öllu minni en hann var áður og talið víst að einhverjir hvíli utan girðingar hans eins og hún er í dag. Greftrað var í garðinum fram á síðustu öld. Þar voru síðast lagðir til hinstu hvílu ábúendur í YtriSkógum, sem bjuggu í Skógum til 1944 og fólk úr suðurbæjarfjölskyldu á Hrútafelli.
Skógar fengu svo aftur þann merka sess að eiga kirkju þegar Þórður Tómasson safnstjóri og fræðimaður í Skógum lét gamlan draum sinn og annarra rætast og reist var kirkja við Byggðasafnið í Skógum. Fyrstu skóflustunguna tók séra Halldór Gunnarsson í Holti. Kirkjan var reist eftir teikningum Hjörleifs Stefánssonar en til hliðsjónar voru hafðar gamlar sveitakirkjur. Sveinn Sigurðsson frá Hvolsvelli var yfirsmiður kirkjunnar. Að utan er kirkjan reist með nýjum viðum en að innan er að finna marga merkilega byggingarhluta og gripi úr kirkjusögu Rangæinga og VesturSkaftfellinga.
Skógakirkja var vígð þann 14. júní 1998 af hr. Karli Sigurbjörnssyni biskupi.